“这是苏哈托派来的人员与我们达成的秘密协定。”沈阳将双方会谈纪要递给吴铭，“基本达成了我们的目的，这是苏加诺的特使所承诺的条件，制止反华骚乱，同意苏门答腊人自己的选择，但要求我们退出加里曼丹岛的印尼领土。”
“相比较，还是苏哈托比较大方。”吴铭仔细翻看着文件，冷笑道：“不仅承诺制止反华暴乱，赔偿华人损失，还同意苏门答腊和加里曼丹的问题由那里的人民自主选择，而我们只要不插手，不偏向，苏哈托认为他们有能力控制印尼的局势，并且将与马来亚友好和平相处。”
“那我们就与苏哈托合作吧，把印尼的华人、华侨接到加里曼丹岛，驱逐那里的印尼居民。”赵笑眉说道：“等到苏哈托集团掌握了政权，要是他不听话，光凭这份秘密协定就可以让他滚下台。”
“我看可以。”吴铭点头赞同道：“命令登陆爪哇岛的部队暂时停止行动，静观其变，告诉苏哈托，这份协定必须要他和纳苏蒂安的亲笔签字认可，而且印尼华人的迁移要马上开始。否则我们就动用武力，在这个时候，英、美的注意力都集中在朝鲜，我们的态度就将决定印尼的政权落在谁的手中，不多索取好处实在是说不过去。”
1950年9月15日，印尼右翼与左翼虽然剑拔弩张，但为了不进一步激怒马来亚军队，都采取了相应行动，制止反华暴乱，镇压暴乱分子。s华人、华侨开始向沿海城市集中，等待马来亚船只的到来。虽然马来亚已经与苏哈托集团达成了协议，但这种秘密协定是不能见光的，马来亚撤出华人、华侨。除了签订协议的双方，别人只知道这些华人、华侨是前往南加里曼丹岛暂避灾难的，进一步的事情便不得而知了。
9月20日。与马来亚达成秘密协议的苏哈托底气十足，宣布取缔印尼共、人民青年团、全印尼中央职工会和印尼妇女运动协会等组织和其他一些左翼团体。随后指挥军队大开杀戒，在两个月内，印尼左翼团体受到严重摧残，其主要领导人艾地等全部被杀。据不完全统计，先后有几十万人惨遭杀戮，约三十多万人被逮捕监禁。与此同时，军人集团一方面逼压苏加诺总统逐步让权，一方面不断通过媒体诬蔑中国“九卅运动”、干涉印尼内政。陆军的《战斗报》含沙射影地说：“难道九卅运动仅出自翁东地想法。而没有作为幕后主使者的国内或国外的政治活动家地参与谋划吗?难道九卅运动的反革命冒险仅靠他们各自的物质力量，而没有国内或国外广大阶层在物质和精神上的和帮助吗?”
当时，中国认为“九卅事件”是印尼国内阶级矛盾发展的结果。过去“纳沙贡”的表面合作掩盖了革命与反革命的界限，此次事件后，革命和反革命的力量迅速分化，双方的阵线日趋明朗。左派已由合法地、和平的斗争被迫转为地下的、武装的斗争，这有利于印尼革命力量的进一步发展。但中国出于政治考虑。对事件的公开态度则是尽量客观，电台、报刊暂不报道印尼政局变化。当时中国定的方针是：坚决印尼人民地革命斗争，集中打击和孤立右派，缩小中间派的欺骗作用并促其分化，对右派的攻击给予坚决回击。