除了成立政务院之外，还要成立梁山的军务院，军务院没有特定的管理人员，设立梁山军事委员会，委员长由晁盖亲自担任，常设成员为十人，候补成员若干不等。
军务院下辖参谋司、政治司、后勤司、装备司、情报司、军法司，编练司，警备司八个部门。参谋司负责梁山武装建设和作战指挥，制定作战计划等；政治司负责梁山的政治思想工作；后勤司负责梁山军队的后勤保障工作，包括伙房，衣物，粮草，军饷等；装备司负责梁山军队装备兵器的研究和装备，包括梁山火炮研究院；情报司负责梁山军事情报的搜集和分析，为参谋司制定计划做准备；军法司负责梁山军队的法制工作，赏功罚过；编练司负责梁山军队的招募工作和守备军的训练工作；警备司负责梁山聚义大厅和梁山重要头领的警卫安全工作。
听得晁盖说完了梁山两大核心领导机构之后，书房内的众人都是佩服不已，晁盖提出的制度，对于梁山来说有百利而无一害，可以说非常的完美，晁盖没对众人的夸奖和佩服也是一阵的脸红，毕竟是从后世过来的，后世那些先进的制度理念他是很明白的，搬过来用到梁山再合适不过。
坐在旁边的黄文炳是在座的文官之中做官经验最为丰富的一个，听得晁盖说完就是一直皱着眉头，等到晁盖全都说完了，黄文炳这才疑惑的说道：“哥哥方才说的政务院和军务院都是非常的完善，只是梁山为何只有这两个机构，政法和监察方面的机构为何没有？”
听得黄文炳的疑问，众人想了想这才恍然大悟，确实没有，晁盖也是哈哈一笑，说道：“的确，我在完善制度的时候也有两个核心的部门，就是政法院和监察院，负责梁山的政法和监察工作，可是如今我梁山人才不够，在这说也没有专门从事政法方面的头领，所以也就没有提出来，等到时机成熟了，在一点一点的建立完善，这两个部门的职权暂时由政务院来负责。”
“哥哥目光深远，小生自愧不如啊。”听得晁盖的解释，黄文炳叹了口气，说道，现在的他对晁盖那可以说是心服口服。
既然晁盖的计划已经说出来了，那么便开始商讨梁山各个部门得领导问题，经过了几个人整整一天的商讨，反复的讨论，这才将人员的调配都商议了出来。
第二天，梁山聚义大厅之前擂鼓聚将，三通鼓响，所有的人都来到了聚义大厅，便是在独龙岗的头领也是在头一天得到了消息，星夜赶回了梁山，可以说这也是梁山聚会头领最全的一次。
看着都来齐了，当下晁盖便开始说道：“经过了几次的大战，我梁山的威名打了出去，如今梁山好汉在江湖绿林之中也是威名赫赫，这都是众位兄弟努力的结果。”
“但是经过了这几次的大战，我梁山的一些问题也是显露了出来，梁山日后是需要走出去的，是需要发展壮大的，是需要争霸天下的，如今的管理制度却依旧还是江湖绿林山头的管理制度，已经不能满足梁山的发展，所以说改革势在必行，昨日经过了两位军师，林教头，云总管等几个兄弟的商议，终于商讨出了一个完美的管理制度以及人员的安排，众位兄弟可有什么异议？”
晁盖的话音刚落，聚义大厅中便是一阵的小声说话的声音，众人纷纷讨论着心的制度，这个时候，作为梁山后备军的枪棒总教头豹子头林冲站了出来，说道：“哥哥，梁山改革迫在眉睫，对我梁山有百利而无一害，林冲支持哥哥。”