《杀破狼》的大致剧情是这样的。
影片开场就是1994年王宝出庭受审，结果证人在上法庭的途中被杀手阿杰给杀了，证人夫妇当场惨死，留下一个叫海儿的孤儿，被督查陈国忠收养。陈国忠随后查出得了脑癌，王宝因证据不足被当庭释放。
接下来情节直接到了1997年6月，最能打的马军调来上岗，陈国忠的手下华哥、阿乐、阿琛三人偷了王宝的钱，想给陈国忠的干女儿留下。之后被派去搜集王宝证据的卧底被杀，陈国忠瞒着马军决定把卧底的死栽赃到王宝身上。
事情当然搞砸了，王宝是那么好栽赃的吗？王宝的钱是那么好拿的吗？结果陈国忠三个手下全都被杀手阿杰干掉，死得很惨，栽赃王宝的计划也被破解，陈国忠只好逃出警局。
走投无路的陈国忠决定孤注一掷杀了王宝，于是假装还钱去见王宝，结果被阿杰一刀刺穿手掌，连王宝的毛都没碰到。要不是马军的电话及时打来，陈国忠就完蛋了。
最能打的马军先是在楼下窄巷里激斗阿杰，干掉了这个冷血杀手。然后上楼去找王宝，两人一番激斗，马军把王宝打得扑街了。
但马军显然忽略了王宝的体格，以为打趴下的人就站不起来了。结果被王宝偷袭，扔下了楼，当场惨死。
巧合的是，坠楼的马军砸到了王宝妻儿的汽车，王宝的妻儿也被砸死了，王宝就哭了，那叫一个伤心。
影片结束。
这部电影其实有很多逻辑都说不通，比如：
一，王宝作为九龙地位最高的老大，怎么可能会被一个小督察抓到，甚至搞到出庭受审？侥幸脱罪后，连一个迎接他和保护他的小弟都没来，这老大做的也太凄凉了吧？
二，影片的时间跨度是三年，三年里王宝居然和害他差点坐牢的督察陈国忠相安无事？这怎么可能？身为九龙城扛把子，怎么能让仇人还逍遥三年那么久？
三，王宝手下好像除了一个杀手阿杰，就没有可用的人了，杀谁都是阿杰在跑东跑西，这一点也不符合他黑道巨擘的身份。即使最后大决战，马军杀了阿杰后，和王宝打得天翻地覆，连一个出来帮王宝的小弟都没有，好像外面几百号古惑仔全都回家吃饭去了。
纵观整部影片，王宝这个九龙城区大哥的身份好像不怎么名副其实，有名，但是势力并没有他名声那么大，他这个老大做得跟个夜店看场子的一样。
可如果如渣哥所说，王宝手下有一部分人要反叛，这一切就都说得通了。
坤宝集团名义上王宝是大哥，但手下有相当一部分势力并不服他，更是想要推翻他。但他们不敢明着来，就玩阴谋诡计。结果就扔出个污点证人给一直想要抓王宝的陈国忠，然后约束小弟们袖手旁观，坐等王宝坐牢。这就解释了王宝为什么会被一个小督察搞到那么狼狈。
王宝脱困后，忙于集团内部夺权，清洗异己势力，但反叛势力的实力也很强，这一斗就斗个没完，这也解释了为什么三年时间陈国忠都平安无事。
最后，王宝恼怒陈国忠居然敢往他身边派卧底，而且还敢黑他的钱，栽赃他，王宝终于忍无可忍，决定杀了这只小苍蝇。但显然他的集团内部斗争并没有取得多大成果，所以即使马军和王宝一番激斗都差点拆了房子，也没有小弟进去看一眼。
这样一来，《杀破狼》整部电影的剧情就能从逻辑上说得通了——王宝那么牛的一个大哥，为什么会差点被陈国忠和马军两个小警察差点玩死？就是因为四个字：内部制肘。集团内部很多人想要王宝死，所以很乐意为警察们提供隐形帮助。
再回到越南三兄弟这边，作为《导火线》里的大反派，这三个亡命之徒倒是和警方势均力敌，因为他们混得神憎鬼厌的，黑道忌惮，又没有白道保护伞，所以警察要抓他们，所有人都乐见其成。