郑芝龙既是怀揣着主意来的，那么对南京方面原本的出师计划没有太大影响。
六月底，弘光朝廷任史可法为督师，会集左梦庚、袁时中、刘良佐、刘肇基、张天禄诸军共五万四千兵马渡江北伐，留刘孔炤、史德威等率领南京江防部队继续守护南京，另分方国安一支军队转进浙江。郑芝龙则重新鼓帆启程，部将施福、梁立、黄廷、成升、洪习山等分批次陆续率船队沿江入海。
南京有钱谦益坐镇，与江西总督袁继咸均对史可法军队的后勤负责，且其时新任凤阳总督瞿式耜走马上任大半个月了，他是钱谦益的心腹，有他策应，史可法军队一路畅行无阻，十分顺利。七月上旬抵达淮安、徐州交界，进驻吕梁山以东的邳州，距离山东仅仅咫尺之遥。
淮扬巡抚路振飞向史可法、左梦庚等述说了山东当前局势。
早在五月，清都察院参政祖可法、张存仁就曾向多尔衮建言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”多尔衮纳其言，先以明降臣方大猷为监军副使招抚山东，后又使明降臣王鳌永以户部、工部的名义前往山东收拾地方，更派固山额真巴哈纳、石廷柱以及平西王吴三桂等发兵作为后盾。
山东地面，自大顺军败出北京，原藩封山东的鲁王、德王等大明宗室或为顺军所杀或早已奔跑，各方势力风起云涌。嘉祥县满家洞的宫文彩、傅家楼的马应试都是趁势而起拥众万余的新兴大土寇，青州守备李士元、莱芜县德王府指挥毕维地、德平县参将高捷、武邑县游击袁灿然等等明朝旧臣亦大多与当地生员、乡绅联手肃清大顺官员占据城池。
清军进军山东，占领了北部德州、乐陵县等地后，清廷感到山西局势变化太快，更需兵力补充，故而决定将巴哈纳等军队转调山西。山东方面只让王鳌永、方大猷征召了数千散兵游勇稳定局面，虽说后续又委任了柯永盛为胶镇总兵负责扫平胶东，但仅凭王、方、柯三部，清军在山东的势力显然不牢固。且清军用摄政王多尔衮的名义在山东遍传檄文，收效并不理想。尤其是多尔衮强制军民剃发的政策，更激起怨声无数。山东各地继反顺之后开始大肆反清，各方势力犬牙交错，形势极为复杂。
“鞑子在五月间强令我汉家子弟剃发易服，引得天怒人怨。山东百姓盼我王师若盼时雨，我天兵一至，必得群起响应。”路振飞袒袖说道。他说百姓盼望左梦庚的军队，但其实左梦庚军队到来，最欣慰的是他。要不是顾及着形象，他真想声泪俱下将这段时间自己顶着山东、淮扬一带的骚乱苦苦支撑的经历一一道来。
“听闻去年闯贼曾派遣伪官吕弼周来代路大人？”史可法端坐问道。
“正是，那吕弼周本为河南提学副使，有才而无节操，屈膝为闯贼效力。不止他，同来的尚有进士武愫，受闯贼任命为防御使招抚徐、沛，都给本官击败斩杀了。”路振飞颇有军政才能，在任时间虽不长，但已练得两淮团练劲卒两三万，全因有他镇守淮扬作为屏障，南直隶等地才不致大乱。
“路大人既有精兵，可遣之随军向北。”史可法认真道。虽然他自己知道受到了排挤，而且在军队中没有实权，但事关恢复大明的国事，他一样尽心尽力，没有半分惰怠。
“正有此意，本官即刻拣选壮勇万人，以犬子统率，听从督师调遣。”路振飞点点头，手指点向坐在下首的一个年轻人，“犬子路泽农，通晓文墨、弓马娴熟，淮扬局面能维持至今，他出力甚多。”
路泽农听到，连忙起身向史可法行礼道：“路泽农见过督师。”
史可法瞧他年纪虽轻，但举手投足之间自有一种沉稳，心中喜欢，点头赞道：“虎父无犬子。淮扬有路大人、凤阳有瞿大人，如两扇门扉，紧锁我南京门户。”
路振飞这时又道：“当前督师向北，有这几股势力不得不备。这首要的便是现驻兵徐州丰、沛地带的东平侯刘泽清......”
左梦庚闻言，疑惑道：“刘泽清不是接受了朝廷封赏，那是自己人，修书一封让他赶紧来投便是，防备他什么？”
路振飞回道：“侯爷有所不知，这刘泽清是个无赖破落户，光占便宜不处力。早前先帝封他为伯要他勤王，他就敢百般推脱，而今圣上不念旧过，加封他爵位，可他是寡恩少义的人，哪里会念着朝廷的好，依旧拥兵自固。徐州，都快成他刘家天下了。”
刘良佐不满道：“这厮去哪里不好，非要盘踞徐州，忒不给我脸面，岂有此理。”他先为徐宿总兵，徐州在他的镇守范围内。刘泽清趁他奉命南下之际窃占了徐州，他纵然已不再是总兵，但刘泽清占地在前、他受封侯爵在后，自还是有种被鸠占鹊巢的不快。
“这刘泽清兵马不少，在徐州作威作福，名为侯爷、实为官贼。”路泽农不客气道，“要不是父亲大人屡屡劝阻，我这边早派兵打过去了。”
路振飞道：“刘泽清到底是敕封侯爵，如何处置，轮不到你我裁断。”
史可法颔首道：“刘泽清有过在先，却不思悔改。朝廷宽大为主，先礼后兵，可差人去他那里晓谕一番，若他还执迷不悟，那么......”说这话，就将目光转向左梦庚。
左梦庚拍拍胸脯道：“包在本侯爷身上！”
路振飞拱手道：“刘泽清实为我两淮痼疾，能将他化开，本官这里先向督师、侯爷道谢！”转而继续道，“除了刘泽清，就近宿迁尚有贼将董学礼流窜，亦有三四千众。”
李自成进军北京的同时派遣了包括董学礼在内的多支军队攻略山东、淮北等地，但董学礼对上路振飞并没有占到什么便宜，越打越势蹙。