右副都御使练子宁，逮后对朱棣语不逊，被朱棣断其舌，磔死。宗族弃市者一百五十一人，九族之亲被抄灭戍远方者又数百人。
右副都御使茅大方，曾写诗给朱棣的姐夫梅殷表示了和朱棣抗争到底的决心，朱棣即位后捕茅大方至南京，连同茅子顺童、道秦、文生同时处死。
大理寺卿相胡闰，穿着孝衣哭着去见朱棣，以示对文帝的怀念。朱棣令换衣，死活不肯，朱棣令力士以铁瓜打落其齿，又将他缢杀，还用灰蠡水浸泡其尸，剥下皮，挂在武动坊。
监察御使高翔，着孝服见朱棣，朱棣怒杀之，籍灭其家产，同族处死，亲戚戍边，对租赁高翔家田产的人，还格外加税，让租佃户世代痛骂高翔。
建文帝大理寺丞刘端弃官逃去，被抓入殿。朱棣问：“练子宁、方孝孺是什么样的人？”
刘端笑答：“忠臣也！”
朱棣问：“汝逃，忠乎？”
刘端回答：“存身以图报耳！”
朱棣狼性大发，命人用刀割去刘端耳鼻，狞笑着问满头血污的刘端：“作如此面目，还成人否？”
刘端骂道：“我犹有忠臣孝子面目，九泉之下也有面目去见皇祖！”
朱棣狂怒，亲手用棍棒把刘端捶击而死。
他本以为这一切与他这样一个九岁的孩童不相干，可他家与户部侍郎卓敬沾亲，那卓敬与建文初年曾秘密上书，秘密上疏说：“燕王智谋绝伦，并有雄才大略，酷似高皇帝。北平地势优越，兵精马壮，金、元即由此兴起。现在应当将他改封南昌，万一有变，也容易控制。事情即将萌发而未行动，那是由于时机未到，而考虑可以行动的时间则要依据形势。形势还未成熟时便不能做出决断，而时机还未明朗便不能给予明察。”上奏到达朝廷，第二天皇上召问卓敬。卓敬叩首道：”微臣所言乃天下至计，愿陛下明察。”但是此事竟被搁置。燕王登基后，卓敬亦被逮捕。朱棣指责他曾建议改封一事，离间骨肉之情。卓敬厉声说道：“可惜先帝没有采纳我的建议。”皇上十分生气，但仍怜惜卓敬的才能，下令将他下狱，派人以管仲、魏征之事相劝。卓敬流着泪说：“身为人臣，只有以死相报。先皇帝曾无过失，忽然被横行篡夺，我恨不得立即死去，到地下去见先皇，你还想让我为你效力吗？”朱棣还是不忍杀他。姚广孝以前与卓敬有隔阂，便进劝皇上：“卓敬之言如果真的被采用，皇上难道还会有今日吗？”皇上这才处死卓敬，并灭其三族，他家也因此收到了牵连，被抄家问斩，而他只因当时年纪还小，此侥幸躲过了这才大屠杀。
可他还是个九岁的孩子，父母亲人被杀，好端端的一个家，只因为与户部尚书沾亲带故，就弄得家破人亡，这对只有九岁他的来说，是一个噩梦，无着落的他每天混迹街头，浑浑噩噩不知年月，直到有一天，有一个鲜衣怒马的人在街头不小心撞了他一下，然后他便晕了过去。
等他醒来的时候，才发现自己在一个王府里，而且此人是当今陛下的第二子——汉王朱高熙。那是他头一次见汉王，不免有些紧张，汉王只是跟他了说了几句话，后来他知道了，汉王想要找一个合适的人去宫做眼线？“
他不知汉王要人入宫做眼线是干什么的，但不知为何却没人肯去，他起初不明白，几日后变明白了，汉王让人要的是一个太监，唯有太监才能接近皇帝，才能打探到消息，可汉王固然有权有势，但入宫做太监这样断子绝孙的事情，肯做的人不是年纪大了，便是不堪重用，结果选来选去，一直找不到一个合适的人选，直到在街头撞倒了自己。
他不过十几岁的年纪，正是好入宫的年纪，而且还是官宦人家，读过书，写过字比给宫中的那些大字不识一个的太监要强多了，汉王的属意便是让他入宫，他浑浑噩噩直觉的皇帝杀了自己父亲，杀了自己母亲，杀了自己叔叔伯伯，他该入宫找那个人报仇，于是他很痛快的答应了。
由于汉王从中打点，入宫很顺利，且进了尚衣监，负责给皇帝的冠冕﹑袍服﹑靴袜等，由于聪明伶俐，被皇帝所欢喜，前几日个月才被皇帝叫道跟前侍奉，开始趁机打探消息，秘密交给了汉王。
他最近才调入皇上跟前侍奉，并没有见过朱瞻基，并不知道他便是大明的太子，先前见杨荣等人以他马首是瞻心头暗暗留了心眼，后来又见杨荣等人出来，唯独不见朱瞻基出来，便暗暗感到惊讶，皇帝的身子摆明了是不行了，这年轻人若不是皇帝亲近之人，绝不会留下的时间比杨荣这等老臣还要长，动了这个心思，他并没有着急走，而是继续等待，他想看一看这个年轻人到底什么时候出来。