方从哲思考了一会说道：“陛下，这样只怕也还是不行，朝中有许多大臣，家中或者是其亲戚等人，就有大量商铺，如果收税，虽然他们依然也可以赚钱，但谁也不会嫌钱赚得多，只怕不会同意，而且他们还有堂而皇之的理由，朝廷不可与民争利，况且先帝刚刚才废除了矿税，陛下立即就收商业税，会惹群臣议论。”
朱由校想了想，试着说：“如果朕与首辅都同意了，再强制下旨收税怎么样？”
方从哲连忙阻止：“陛下，万万不可，给事中可以封驳圣旨，陛下如下旨收商业税，臣可以肯定他们一定会封驳的，到时朝廷威信受损就不好了。”
朱由校明白方从哲的意思是皇帝威信受损，原来皇帝也不是想做什么就做什么的。那么要如何做才行呢？他就这个问题请教首辅，方从哲沉默半晌后道：“除非让大多数朝臣都同意。”说罢接着就摇摇头，他也知道这几乎是不可能的。
朱由校才知道这个问题确实很难，先一步步来吧。于是提出想让徐光启任户部尚书，要首辅支持自己，方从哲当然是满口答应。
几天后，朱由校召集内阁开会，提出要将徐光启升为礼部尚书，并因为徐光启是自己的第一位日讲官，提出要赐给他一面帝师金牌，凭金牌可以随时面圣，并可管辖三品以下官员，夺职五品以下官员。
内阁强烈反对，除了方从哲，内阁其余两人都认为徐光启资历太浅，现在也不过是正三品，而且礼部尚书孙慎行刚刚上任，并无错处，怎么能以徐光启取而代之呢？而金牌对三品以下官员都有管辖权，这会使徐光启权力太大，更不用说还可以随时夺职五品以下官员了，这样会让徐光启的权力比内阁首辅还要恐怖，恐非国家之福。
方从哲对徐光启是很满意的，不仅是皇帝前几天给他说了，更主要是因为徐光启无党派，他当尚书总比东林党人当这个尚书要好得多，只是要他同意徐光启取代孙慎行的话总不大好意思说吧，何况孙慎行比徐光启早九年中进士，确实论资历方面是强于徐光启的，再说上次皇帝说的是户部，他也正困惑着，所以只好不表态。
朱由校笑道：”徐先生资历太浅，如果资历是指考中进士的年限，这个我承认，但徐先生中进士以来，翻译泰西书籍，撰写农业，历法方面各种著作，且曾开渠种稻，练兵强军，教育皇孙。有人中进士确实早，却每日只知蝇营狗苟，争权夺利，党同伐异，无一功于国。如此资历，便如那积年老贼，有不如无。“
皇帝这样说，这下内阁中人倒不好再从资历方面反对了，特别是东林二人，生怕皇帝将自己也归入党同伐异那一块里面，因为孙慎行也是东林人。刘一燝道：”即便不论资历，只是礼部孙尚书上任以来，尽心任事，如夺其职，则无法说清原由，且不好安排，请皇上三思。“