这时内阁就只有方从哲，叶向高，孙承宗三人了，众臣请皇上增加内阁名额，朱由校让大家廷推，然后选了徐光启入阁，而且其吏部尚书一职依旧兼任。
这在大明朝是一件新鲜事，一般来说，内阁中人的尚书只是一个荣衔，是为了提高阁臣地位的，但现在徐光启是既为阁臣，也是吏部尚书，这还没有出现过。
徐光启上奏请辞去吏部尚书，被朱由校拒绝。徐光启再上奏，朱由校说道：“朕心独断，不准大臣再提此事。”
徐光启只好作罢，而在旁边等着机会的大臣们也只好失望作罢。朱由校之所以不让徐光启辞去吏部尚书，是因为在刚刚过去的天启三年京察中，徐光启的表现让他极其满意，所有的在京官员，都根据其完成任务的情况予以评价，而没有考虑过其党派归属。
这是对张居正的考成法的一次修改后的运用，效果极佳。只会动嘴的官员被贬官甚至削职为民，而办实事的官员被嘉奖甚至升职，让官员们明白了皇帝对官员行为的喜恶，在很大程度上使官员开始注重办实事而不是只会动口了。
就在这时，腊月二十二日，南直隶的应天、苏州、松江、凤阳、泗州、淮安、扬州、滁州等六府二州俱地震，扬州府尤甚。扬州倒塌城垣三百八十余垛，城铺二十余处。应天墙垣摇动，屋脊梁柱俱各有声，城垣墙垛倒塌，高淳地震有声，屋宇倾、水泛溢，句容瓦坠屋覆。常州、镇江、扬州，声如巨雷，摇倒民房无数，压死多命。淮安府湖水翻房宇动。泰州墙垣摇动，江河皆啸。常熟墙屋俱摇，行者皆仆。东刹浮图亦摇倒其顶，城内外地面多裂。崇教兴国寺，塔顶斜倾。吴江、震泽、嘉定、江都、通州、泰兴，吴淞所，常州府宜兴，俱震声如雷。松江府华亭、上海、南汇守御所、以沙堡、无锡、靖江，俱屋宇摇动，武进坏屋湖水皆飞。应天府、上元、江宁、六合、吴县、江阴、丹阳、金坛、丹徒、溧阳及江西，同日皆震。
急报于二十三日晚传到京师，朱由校紧急召集大臣，商量赈灾事宜。方从哲出列道：“此次大灾，虽然声势颇大，但伤人有限。但震后救灾之事，非常重要。天寒地冻，灾民缺衣少食，如果处理不当，只怕会饿殍遍野。”
朱由校点了点头道：“为今之计，当命一公正大臣，替朕巡视灾区，救民于饥寒，众卿认为谁可担此重任？”
叶向高上前道：“兵科都给事中杨涟，一向清廉自律，且嫉恶如仇，可当此任。”
朱由校看向杨涟道：“不知杨卿可愿为朕分忧？”
杨涟出列跪拜道：“臣愿往。”
朱由校道：“着任杨涟为钦差，前往南直隶主持救灾事宜，并命东厂与锦衣卫及廉政公署协助，赐你尚方剑，三品以下官员可以先斩后奏。”
叶向高连忙道：“陛下，可否定为四品以下？”
朱由校摇摇头道：“南直隶官多职高，四品以下连个知府都管不了，定为三品及以下都可先斩后奏。”
杨涟连连叩头：“臣谢过陛下信任，臣在此发誓，不让南直隶死一个不应死之人，以报陛下厚恩。”