孙承宗第二天就动身前往福建，福建巡抚南居益带着大量的官员在巡抚衙门前迎接，在例行的问候后，南居益将孙承宗请进了衙门。
分宾主坐下后，南居益开口道：”去年我已经派了千总陈士瑛前住巴达维亚，晓谕荷兰人，要他们停止对沿海的侵扰，应该快要回来了。“
孙承宗问道：”如果我们现在进攻澎湖，可有胜算？“
下首的福建总兵俞咨皋起身回道：”阁老，前日都是红毛来犯，我等以逸待劳，所以取得胜绩，如果主动进攻澎湖，只怕难以取胜。“
孙承宗沉下脸来道：”俞总兵，本官接到的消息是贼只一千人，这样都不能胜吗？“
俞咨皋大冷天的汗都出来了：”回阁老，我福建水军已经有十三年没有造过一艘新船，原来的船也一直没有修缮过，水军士兵操练少，所以……“
孙承宗打断他的话道：”为什么没有造过新船？“
俞咨皋看了看南居益求援，南居益叹了口气道：”我福建多山，收益本就少，而朝廷所拔银两连水军饷银都供应不了，实在不能怪俞总兵。“
孙承宗点了点头：”原来如此，皇上说大明皇家银行在福建开设分行，并且拔给福建水军共三十万块钱，先满足饷银，总不能要兵士饿着肚子去打仗。然后修缮船只武器，等陈千总回来后，我们再决定行止。“
孙承宗第二天就亲自前去巡视水营，确实如俞咨皋所说，水军的船都是旧船，不管是船上的器械还是甲板，都是破破烂烂，船上连火炮都没有。
孙承宗问道：“荷兰人的船不是都有火炮吗？你们没有火炮怎么和他们拼。”
俞咨皋眼泪都要掉下来了：“我们用小船纵火，然后用水底龙王炮埋于敌船必经之路上，这样才沉了敌人一艘船。”
孙承宗安慰道：“皇上已经命人将火炮装在大船上，在天津卫实验好以后，就会运来福建，皇上说，应该比荷兰人的火炮大一些，在对射时会占优势。”
俞咨皋大喜，上次与荷兰人交手，如果不是凭借熟悉地形，然后手下用纵火船引诱敌船改航到水底龙王炮埋藏之处，只怕早就被荷兰人的火炮将所有船击沉了。自己有了火炮，那就不怕了。
孙承宗对士兵倒是很满意，士兵们精神状态很不错，虽然衣服破烂，但兵刃保护得很好，并没有出现生锈的情况，至于火铳则数量较少，也全是旧式的火绳枪，朱由校让他来的时候带了一千枝无刺刀的燧发火铳，一千柄带护手的钢刀，应该可以装备这支水军了。
视察过后，孙承宗对俞咨皋道：“火炮运来应该还有些时日，但本钦差带来了一千新式火铳和钢刀，俞总兵先选取作战勇猛的士兵先训练一下新式火铳，到时应该可以增强战力。”
俞咨皋道：“陈千总手下是水军中的精锐，可以将新武器发给他们先用。”
几天后，陈士瑛回来了。他向钦差大人等人汇报了整个过程：“属下于去年受巡抚大人派遣前往巴达维亚，坐的是洋商黄合兴的船，我们来到三角屿，遇到了四支夷船，他们说他们的王已经往阿南国去了，所以属下去宣谕没有得到回音。荷兰人要发五支夷船直抵澎湖，以求通市，黄合兴阻止了他们。然后和他们一起来到大泥，我们去谒见大泥王，大泥王说，要从各地发船前住澎湖，若不允市，则必动干戈。”