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先遣军团战败后，轩辕尽管有心再战，却也无可奈何，只得先一步统一族地，此后聚集合力，再次征伐九黎部落。
于战败后，轩辕方才深入了解九黎部落，以致一时间大惊不已。
因族人均为混血后裔之故，蚩尤在恢复大巫之身后，特意将巫族之法传下，如此许多族人得以激发巫族血脉，化作本体模样，由此被传为兽身人语，铜头铁额。
且不管九黎之人如何怪异，其战力却非同小可，普通人族武修，根本不是同等巫修的对手，即便两人、三人联合起来，也很难取胜。
如此这般，轩辕不得不压下心中怒意，先一步整合不周山族地，待将族地完全统一，其方才整兵备武，联合北俱芦洲内的正统人族，向着九黎部落攻去。
然而战事刚一开启，轩辕便受到当头一棒，经过上千个元会的修炼，其业已晋级大罗金仙，然而与蚩尤相斗之时，却屡屡受制，蚩尤手中的化血神刀，端是威力无穷，一旦被其伤到，非万年闭关，不得恢复。
于是，轩辕信心十足的首战，很快再次大败而回，即便其自身，也受创于化血神刀之下，不得不先行闭关万年。
在此期间，蚩尤率领九黎大军，已然初步整合小半个北俱芦洲，其内生存的正统人族，无不被驱赶至它处，因之生于人族，倒也也不好妄杀，是以流离失所者多，枉死者鲜少。
轩辕与蚩尤之战，可谓人族内战，因此轩辕每每大败，却不曾被九黎大军追击。是以虽然战败，待将遗散兵卒收拢，其数不曾少去太多。
这一战争模式。有些类似于华夏古代，春秋早期以及之前的战争。双方只为胜负，并不谋求多杀，待一方承认失败逃遁，另一方不但不追杀，甚至还会助其逃亡，至多嘲笑几句罢了。
待轩辕恢复伤势重新出世，部落外有一修士求见，却是那老子之徒玄都。刚一表面来意，轩辕便大喜迎出部落之外，谢道：“轩辕多谢圣人赐宝！”
此时的轩辕，仅为人族共主，尚未成就圣人之尊，因此对于太清圣人，自须一番恭敬，何况对方遣派玄都此来，却是为了送于自身灵宝呢？
玄都所送之宝，正是当初帝俊炼制的屠巫剑。于巫妖终战后，遗落于战场之上，为太清老子得到。后被其一番重炼，并加入一些后天功德，得以成就后天功德灵宝。
如此不仅灵宝更为犀利，其破防巫族之身的能力，也不曾丝毫减弱，待轩辕攻伐九黎部落大败后，老子才将玄都派出，以屠巫剑相赠。
此后屠巫剑追随轩辕一生，以之为轩辕剑。不负屠巫之名。
有了屠巫剑相助后，轩辕的心思再次活泛起来。于是重聚大军，再次与蚩尤战于北俱芦洲之内。然而结果不曾丝毫改变，却是一败再败，接连八次之后，不得不收缩兵力于族地之内。
眼见时机已至，元始派出广成子等人，通天派出多宝等人，西方二圣派出药师与弥勒，以及毗婆尸等上古佛，相继来到黄城，辅助轩辕征伐九黎。
因轩辕曾拜祖凤之故，圣人门徒也不得不以晚辈自居，除去教派之争以外，众人与轩辕相处倒也算融洽。
此后昊天上帝，亦派出九天玄女，带来十万天兵天将相助，令轩辕一时间信心大盛，再次举兵出于不周山族地，与蚩尤麾下的九黎大军相斗。
此次得天兵天将，以及众多圣人门徒相助，轩辕一方才得首次获胜，正欲乘胜追击之时，蚩尤一方却高挂免战牌，以致轩辕一方不能扩大战果。
洪荒自从开辟以来，虽然已经过去三个量劫，然而众生的心性，却大多非常淳朴，蚩尤刚一挂出免战牌，轩辕便不再继续攻伐，如以前世之人看来，却是太过痴傻。
眼见己方高层战力不如轩辕，蚩尤稍一思量，便将主意打到巫族身上，一则其自身曾为天巫，如今又是大巫之身，理应向巫族求救。
二则九黎大军均为人巫混血后裔，经过修炼巫法一事，许多族人已然转修为巫，如此巫族自不应坐视不理。
于双方免战之际，蚩尤独自离开部落，向着北俱芦洲中心飞去，待来到地火城左近，方才见到刑天，进入盘古殿内。
为了护卫巫众周全，十一祖巫于重生之后，并不曾将盘古殿带走，而是将之留于刑天守护，以此庇护巫族所剩势力。
刚一进入盘古殿，蚩尤便言道：“吾于巫妖终战之时身陨，却不料机缘所致，转世为人，如今人皇将出，一统人族者为之，敢请各位兄长相助，一旦成就此业，必将永尊巫族。”
蚩尤之言，不仅叙述旧情，更是许下偌大的好处，倒令刑天等人无法轻易拒绝，须知一旦蚩尤一统人族，成就人皇之位，巫族便可分去一些人族气运，从此修行更易。