清点攻下上侥城的战果，共计俘虏奉德军士兵25000余人，另外还有10余名在兵变中侥幸逃脱性命的日本军官，再加上在前期战斗中击毙的奉德军士兵，因此全歼经过浙江省的奉德军这个目标，可以算是基本实现了。另外还发现了福田正齐等军官的尸体。虽然在人民军进城后，奉德军的士兵基本都弃械投降，但因为己经开战了，因此只能按俘虏处理，而不能享受归降的待遇。而被俘的日本军官将在华东政*府的军事法庭上受审。
而人民军自身的伤亡并不多，加上前期的战斗，也只阵亡不到200名士兵，还有300余名士兵受伤。不过在清点战果时，还统计出在这2、3天的兵变中，城中死亡了约6000余名居民，另外还清理出了抢劫到的大量物品钱财。
上侥不是大城市，城区内的人口在50万左右，因此死亡了6000余居民，也是一个相当惊人的数字，由其是这些居民并不是死于战火，而是死于军队的暴乱。也引起了人民军的愤怒。
人民军军纪严明，秋毫无犯，己是众所周知的事情，而且经过政治教育的人民军士兵，已将保护民众视为军队的职责之一，尽管现在上侥还不是华东政*府的地方，但在华东政*府的教育中，只要是中国的地方，都会是华东政*府的领地，现在不是，将来也会是，只要是中国人，也都是自己的同胞，因此看到奉德军的暴行，自然是让人民军的官兵义愤填膺。
不过人民军不能处理这件事情，只能上报给军委，再由军委转报给行政院决议。
而上侥事件上报到行政院，出现了三种意见，有人主张认为应该对奉德军进行清算，将有过抢掠杀人行为的奉德军进行严惩；但也有人认为奉德军不是人民军，不能用人民军的军纪标准去要求奉德军的士兵，尽管奉德军是在开战之后投降的，但毕竟没有负隅顽抗，而且自古以来都是杀俘不祥的，如果在投降之后仍然遭到清算，以后华东政*府挥军南下时，其他各势力的军队就只能和人民军顽抗到底了；当然还有人认为上侥本来是袁世凯的地盘，而且这次华东政*府出兵，只是歼灭奉德军以表示自己的态度，也不打算占领袁世凯的地盘，因此不如交给袁世凯处理。
行政院经过讨论之后认为，首先不能交给袁世凯处理，因为如果要袁世凯处理，就必须将所有俘虏都交给袁世凯，这无疑会大大增强了袁世凯的实力。而在严惩和放过之间，行政院最终选择了严惩，行政院认为严惩有抢掠杀人行为的奉德军士兵，并不是杀俘、也不是清算，而是对他们所犯的抢劫杀害平民罪行的惩罚，这样对上侥的民众也有一个交待，同时也能为华东政*府争取民心。只要是民心所向，就算其他各势力的军队和人民军顽抗到底，也不足为虑。
于是军委下令，要求第19野战军对所有俘虏的奉德军士兵进行审查，有杀人行为的奉德军士兵执行枪决，有抢劫行为的奉德军士兵，则按情节轻重进行惩处，同时行政院还专门成立调查小组，赶赴上侥，协助调查。
在一个多月后，被确认有杀人行为的奉德军士兵共计有1200余人，参与抢劫行为的奉德军士兵则多达万人，而确认有杀人行为的奉德军士兵在上侥公开执行枪决，居民都可以到刑场观看；而参与抢劫行为的奉德军士兵则被处以5-10年不等的监禁劳役时间。被奉德军士兵抢劫的物资钱财，以及缴获的部份奉德军的粮食物资也都分发给上侥的居民，然后才从上侥撤军。
而在人民军从上侥撤离时，上侥的居民纷纷自发的出门相送，有的还痛哭流涕，希望人民军能够留下来。袁世凯得知以后，也不由长叹一气，华东政*府收买民心，果然是有一套。换了自己，决不会对俘虏的奉德军士兵进行清算，而是将他们打散之后编入自己的军队，以扩大自己的实力，毕竞这些俘虏本来就军人，根本不用怎么训练，就可以有战斗力。当然华东政*府现在家大业大，也看不上这些俘虏的士兵。
不过这些都是后话了，就在人民军攻占上侥，全歼上侥的奉德军时，在福建战场上，人民军己连续攻占了福宁府、建宁府、延平府、福州府、永春州等地，而袁军也趁机攻占了汀州府、龙岩州，还有第一次南方战争就占领的邵武府；而奉德朝廷只剩下泉州府、兴化府、彰州府，总面积约1.6万平方公里，几乎可以说是名存实亡了。