李玄都已经有十余天没有入睡，也没有入定神游，因为现在的他很忙，除了要规划道门之外，还要忙于新朝之事，而且他和秦素的婚事也正式提上了日程，由李家着手准备。
当初两人选择了三处大婚地点，分别是辽东、齐州、芦州，如今辽东和芦州已经不合时宜，帝京城内局势未定，前朝宗室、勋贵还未处理完毕，景修又因为清查国库而掀起了一场大案，城内气氛颇为肃杀，也不适合举办婚礼。最终李玄都决定在八景别院与秦素完婚，这个重担便落在了李家人的头上，张海石为此专门返回蓬莱岛，将船队的事情交由李太一暂且掌管。
李玄都已经和秦清议定，大玄朝廷不能像大魏朝廷那样闭关禁海，不仅要开放海禁，还要兴建水师，初步定为三大水师，分别是：北海水师、东海水师、南海水师。其中北海水师以补天宗的船队为主，东海水师以清微宗的船队为主，南海水师以慈航宗的船队为主，三宗也不是将船队全部交出，仍旧保留了半数以上的船队。
大魏的早期军制是指挥使镇守地方，总兵官是为临时职务，是大军出征时的最高统帅。待到后来，卫所制度开始崩溃，总兵官成为地方驻守最高武官，取代了指挥使的职能。严格来说，双方互相并不统属，故而要由更高的总督来居中协调指挥。
在总兵官泛滥且成为常设官职之后，若是大军出征，最高将领挂大将军印，被尊称为大将军，大将军便如早期的总兵官一般，并不常设，是为临时官职，战事结束便要上缴大将军印。大将军权力极大，可以统辖战区内全部军政大权，节制战区内的总督、巡抚，故而秦襄挂大将军印出征时，总督之尊的秦道方也要以秦襄的意见为主。
秦清决心除青鸾卫等几个特殊卫所之外，废除大部分卫所制度，新建的水师实行募兵制，因为三大水师并不局限于一州之地，而是横跨数州，故而其主将也并非普通总兵官，仿照京营，设提督军务总兵官，高出普通总兵一级。
至于青鸾卫，从青鸾卫都督府降为青鸾卫。
按照卫所制度，分为都、卫、所三级。都指挥使司简称都司，最高长官为“都指挥使”，正二品，隶属于隶五军都督府。都指挥使司下面设卫，长官为“卫指挥使”，卫下面是所。皇帝亲军上二十二卫，称“亲军指挥使司”，不隶五军都督府。
“卫”正常上面是“都”，但青鸾卫的全称是“青鸾卫亲军指挥使司”，是直接隶属于皇帝，所以没有上面的“都”，自然也没有“都指挥使”，只有“卫指挥使”，正三品。
这是为数不多决定保留的卫所，由杨吕出任指挥使，虽然品级不高，但无疑权重，秦清又加封杨吕为少傅，从一品，也不算委屈杨吕这位天人造化境大宗师。
如果不出意外，李太一会代表清微宗成为未来东海水师的提督军务总兵官。同时秦清还打算裁撤齐州总督、幽燕总督，设齐州巡抚、晋州巡抚、直隶总督，由直隶总督兼管东海水师和齐州巡抚。直隶总督的人选便是现在的齐州总督秦道方。
另外两大水师，由辽东总督节制北海水师，由未来的江南总督节制南海水师，总督成为真正的封疆大吏。
再有就是，秦清决定在废除卫所制度的同时裁撤名存实亡的五军都督府，收权于兵部，兵部又听令于内阁，内阁集军政大权于一体，直接听命于皇帝，最终的决定权还是在皇帝手中。
总而言之，内阁统领六部、都察院、地方督抚，内阁成员由六部尚书或其他重臣充任，内阁拥有票拟之权，废黜宦官之后，皇帝直接掌握批红之权，拥有最终决定之权。
这是官职上的变化，除此之外，秦清也尽可能地精简勋官、散官、爵位。
大魏素来有职官、勋官、散官之分，职官就是真正掌握实权的官职，比如六部九卿、地方督抚等等，散官又称散阶，没有职权，只是个空名，享有对应品级的待遇。
勋官则是类似于爵位，又不完全相同。比如大名鼎鼎的“上柱国”便是正一品的勋官，比如某些重臣故去时，皇帝赠“上柱国”，便是封赏勋官。
秦清决定废除勋官和散阶制度，只保留爵位制度。爵位自皇帝以下，分为七等：亲王、郡王、公爵、侯爵、伯爵、子爵、男爵，不论内外，不得世袭罔替，依次递减，直至庶人。
同时秦清又保留了“三公”、“三孤”、“三师”、“三少”，也就是：太师、太傅、太保、少师、少傅、少保、太子太师、太子太傅、太子太保、太子少师、太子少傅、太子少保等十二个荣誉官职，并无实权，用以加封或追赠。